人流量
人流量即用戶數量，它直接決定了登錄時及使用時所占用的時間。如果應用在一般安全要求的辦公室，規模在幾十到幾百人之間，那么指紋應當是較好的選擇。如果要將其應用在數千甚至是數萬人的地方，那么識別速度則是需要予以認真考慮的因素。識別速度既和識別方式有關，如指紋、掌型、虹膜、臉型識別所需要的時間，就有不小的差別。同時，還受到模板大小的影響，如在處理技術相當的前提下，模板小的識別技術在識別速度上有其先天的優勢，因此更適合用在人流量大的場合。
安全程度
相對而言，虹膜識別的安全程度很高。而就廣泛采用的指紋識別技術而言，則采用電容式的要比光學掃描式的安全性要更好，因為采用復制的指模是無法欺騙電容式指紋頭的。當然，由于手指和識別芯片直接接觸，在冬天時候尤其是北方地區，人體所帶的靜電會有可能對設備造成損壞，因而良好的接地非常重要。
至于是采用1∶1還是1∶N的識別方式，則需要綜合考慮各種情況來定。人流量較少時(比如100以內)，可以采用1∶1的方式；人流量大的時候則以采用1∶N的方式更恰當。人們一般認為1∶1具備更高的安全性，實際上在應用這種工作模式時，為了保證有更高的安全性即降低認假率(FAR)，很可能會導致拒真率(FRR)的大幅度提高，從而降低實用性和拉長了識別時間。而1∶N的方式，在大流量場所則有其獨到的安全性。在美國國土安全總統指示即HSPD 12 所制定的聯邦信息處置標準FIPS-201中，強調了生物識別對聯邦雇員及承包商的身份識別的重要性。人員的生物特征，存放在一張需要隨身攜帶的智能卡中，比對時先輸入一個ID號，然后通過比對，存放在卡中的模板和現場采集的特征來決定是否給予通行權。使用時稍顯繁瑣，但是這種方式結合了“Something he knows即ID號”，“Something he has即卡” 和“Something that is part of him即生物特征”這三種關鍵元素。并且，規定了生物特征的讀取必須采用接觸式，從而既提升了安全程度，又適當兼顧了隱私保護。
使用環境
使用者的性別、年齡跨度，工作性質(辦公室工作人員和重體力勞動人員的指紋完整性差別巨大)，環境的清潔程度，對高精度的生物識別設備的使用效果影響很大。如果要使用在有可燃氣體或粉塵的場所，則識別設備還需要有專門的MA或KY認證。這種安裝方式會導致大量灰塵進入設備內，并弄臟精密的取像設備，從而導致在實際應用中出現識別故障。
接地
系統可靠性不僅取決于設備，也取決于環境和施工狀況。其中，設備的接地，是一個其重要性經常被提及，但在實施時又經常被忽視的因素。接地的好壞，不僅會影響到系統的穩定性，也會影響到系統的抗干擾能力，從而影響到系統的可靠性。
對于網絡中含有多個設備的系統，在設備之間會有一系列用牽手方式連接設備的電纜，網絡中每個節點的屏蔽層都應該僅在一端進行接地連接。具體使用哪端進行連接并沒有多大關系。圖1是這種接地方法的一個例子。
所有的設備都連接到同一個地線。每個屏蔽層接地都僅連接到一個設備，這樣他們就被分隔開，不能形成接地回路。
如果系統中的電源為浮接電源，那么還有第二種建立地線參考的方法，即使用RS-485電纜中的地線來為通訊信號建立一個公共參考電壓。這根電纜要連接到數據轉換器電壓的負極，或中央計算機系統中RS-232端口的地線。然后，該電纜要在網絡中每個設備的后面與其一個接地端連接。
如果設備沒有可用的地線，那么上述方法將是唯一可能進行接地的方式。或者即使有地線可用，但由于建筑物的電源線和其它環境的不同，這種方法可能也會優于前面提到的方法，因為它為建筑物電源線的每個獨立的設備都建立了接地連接。使用這種連接時，建筑物之間或一個很大的建筑物中不同地點間地線的變化(可能因為電梯馬達或其它大額定電流的機器引起的)，將不會對網絡通訊產生影響。
然而，使用這種方法，電源必須被真正浮接，即沒有任何隱藏的線路返回到變壓器的高壓端或返回到地線。由于這一點是很難做到的(因為在任何變壓器的初次級之間總有一些寄生電容)，所以同前面的方法相比，這種方法可能對電源線高壓端的高頻率瞬時電壓更為敏感。
模板管理
對大批人員的生物特征采集費時費力，誰也不愿意三天兩頭去更新或重新采集生物特征。因此，模板管理的方便性和系統能否對模板進行自動更新，以及定時備份就顯得尤為重要。
通常，模板管理需要用廠家提供的程序來做。有些生物識別設備可以自動對保存在系統中的模板做自動更新，減少了后期的工作量，同時又保證系統中保存的都是最新的生物特征信息。
有些門禁系統已經整合了某些生物特征的模板管理功能，可以部分替代專用管理程序，在生物識別設備和門禁系統結合使用時較為便利。