細菌性病害是不同于真菌性病害的另一類植物病害，在溫室栽培番茄經常發生。危害比較嚴重的有番茄細菌性角斑病、葉枯病、青枯病、斑點病、潰瘍病、軟腐病、緣枯病等。
細菌性病害，幾乎全為土傳性病害，在防治上應嚴格實行土傳病害的綜合防治措施。植株一旦染病，多是整株染病，且病情發展迅速，很快致死。因此要注意隨時觀察，一旦發現病株，立即清除深埋,防止其散發病菌，傳染其他病株。同時要對尚未表現癥狀的番茄秧立即噴藥預防和治療。
在化學防治上,對細菌性病害用藥，長期以來，多用農藥鏈霉素、可殺得、甲霜銅等。由于長期使用此類藥品，多數細菌性病害已經對其產生抗藥性，再用這類藥防治，效果會很差。可改用中草藥制劑，青枯立克100-200倍、大蒜油1000倍加有機硅灌根或者噴霧防治。細菌性病害發病時應及時不間斷用藥，連續用藥3-5次，方能有效的防治。中草藥制劑不同于化學藥，可連續使用沒有抗藥性，累積使用效果更佳；且安全性高，可縮短間隔期用，不會產生藥害。
以番茄青枯病、潰瘍病、髓部壞死病細菌性病害為例，分析病害癥狀跟防治方法。
番茄青枯病最明顯的特征就是：上部葉片萎蔫，繼而下部葉片萎蔫，最后中部葉片萎蔫；初始白天萎蔫，夜晚恢復，2--3天后，不再恢復，植株枯萎死亡。維管束變褐色，擠壓后有白色液體滲出。
番茄潰瘍病多成株染病，發病時期下部葉片向上縱卷，出現萎蔫，最后葉緣枯黃，葉脈間變黃，但不脫落。髓部中空腐爛，有臭味散出，嚴重時植株枯死。
番茄細菌性髓部壞死病，嫩葉退綠，嚴重時，植株上部葉片萎蔫，下部莖壞死，縱剖病莖，髓部變褐色壞死，壞死部位多發生不定根，嚴重后就枯萎死亡
防治措施：如果已經發病，需立即對病株灌藥，并對全溫室植株進行噴藥預防病害蔓延，重病植株拔出室外深埋。用藥如下：預防方案 青枯立克30-50ml+大蒜油5-15ml +沃豐素25ml兌水30斤定期噴霧。治療方案：靚果安70-100ml+大蒜油5-15ml+沃豐素25ml+有機硅兌水30斤連噴2-3次， 3天噴施1次，病情嚴重的復配其它化學藥，控制后改為預防。