一、液位不穩定
一些城市使用的污水泵站是由液位儀控制泵而啟動的，當污水進入泵站時水位是不穩定的，在不穩定水位的影響下泵啟動會連續啟動、連續暫停或連續啟停。這種情況會影響污水泵站運行的穩定，減短泵站的使用壽命。
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二、備用泵的利用率不高
污水泵站自動化系統使用下，每個泵站均配備有備用水泵，備用水泵的作用主要是在水泵發生故障需要修檢或保養時，能夠保證水泵正常運行，不影響污水處理的各個環節。如果長時間不利用備用水泵，在集水井中備用水泵可能會導致操作系統的絕緣電阻下降，長時間會減少污水水泵的使用壽命。
三、集水泵水位增長不穩定
降水量隨著季節的變化而變化，不同季節的降水量存在明顯的差異，污水泵站泵坑中的水位受水位變化的影響，例如在雨季集水泵水位增長過快，易造成水泵每次啟動時間的間隔較短，在短時間內啟動造成的瞬間電流過大，極易造成配電柜跳閘故障。
四、人制造成的問題
目前一些污水泵站在閥門的開關上還是采用傳統的人工控制的方法，由于人工的疏忽或其他因素的影響，在閥門控制中會由于個人疏忽造成控制不及時，導致泵坑集水過多、水位上升過高的問題，嚴重時會淹沒泵室，影響泵站的正常運行。
五、自動化不完善
一部分污水泵站缺乏完善的控制系統線路，無法充分保護系統主要設置，影響自動化控制系統功能的發揮。系統設備的維保工作不到位，造成系統網格結構陳舊，易造成泵站與中央控制室之間重要數據的丟失，影響自動化控制數據的完整性和準確性。除此以外，系統對泵站具體運行情況缺乏動態化的監控和管理，不利于信息的完整性。