通過各種技術手段或社會分工協作，對廁所所收集的糞污進行就地處理或異地處理，使糞污無害化后再回歸于環境。在進行糞污處理時，往往會帶來一些附加的好處，例如回收了糞污中的有用成份用于制藥、制肥或回收水資源。
一般生態廁所具備糞便處理回收水的功能，也有一些廁所不使用水沖方式而達到潔凈目的。還有一些廁所利用太陽能作為取暖能源。這些廁所在使用上更具有獨立性，特別是對水資源的需求減少，從而具備了節水特點。
