冷凝器運行一段時間后易結垢，設備在高硬度水質的環境下運行，循環水系統內溶于水中的無機鹽就會隨著溫度的升高結晶析出，在冷凝器換熱面管壁上形成水垢，導致熱交換效率降低。同時硬垢增加，則能耗上升，結硬質水垢1mm厚時會增加6~10。
由于水的泥土、泥沙、腐殖物形成污垢，加上細菌、藻類等微生物及其分泌物形成的生物粘泥，會附著在冷凝器換熱管壁上形成泥垢，嚴重時造成管路堵塞；而污垢、粘泥會影響熱交換效率，多耗電能，造成高壓運行，嚴重時造成超壓停機。所有這些嚴重地影響了冷凝器的正常運行。
冷凝器清洗分為物理清洗和化學清洗
物理清洗法：
物理清洗主要是采用高壓水清洗。利用多個水壓力進行沖洗，達到去垢的目的，設備清洗高效環保；
物理清洗的優點是省去化學清洗液的費用，避免了化學清洗后廢液的處理問題，不易引起冷凝器銅管的腐蝕，缺點就是對于粘結性強的硬垢和腐蝕產物，清洗效果不好，而且清洗操作比較費時費力。
如果結垢為硬質水垢，應進行化學清洗，物理方式無法將水垢除去。為了使冷凝器在優化狀態下運行，就必須對冷凝器進行專門的化學藥物處理，清除水垢、銹蝕、粘泥、殺菌和防腐蝕處理，還原成清潔的金屬表面，比如清洗冷凝器的殼層污垢。