微波殺菌機在食品行業的應用越來越廣泛，特別是近來食品出現的安全問題越來越受人關注。
微波殺菌機的自動化發展使得其在別的行業中也用處更加廣泛，比如醫療和高科技領域，但是工業中用處還相對較少。因為微波殺菌機在特定條件下的殺菌效果與設備性能還有一定要求，否則將影響食品質量等，搞清微波殺菌的機理對于推廣實際應用具有重要的意義。
微波殺菌機的發展也是人們對生活質量要求不斷提高的一個過程，因為它與人們的飲食生活息息相關。雖然滅菌的方式有很多，但人們出于對環保和經濟的要求，很多還是會選擇微波殺菌機，食品行業的相關設備不斷發展，未來也會有幾個明確的發展方面：比如會要求殺菌設備的工作溫度和工作壓力能適應高溫短時殺菌工藝的要求；充分提高殺菌設備的傳熱效率，提高熱能和水的利用率，以節約能源；一機多用，適用于不同罐型、不同物料、不同品種的殺菌；要求殺菌過程實現溫度、時間、加熱、冷卻和反壓操作的微機自動控制。隨著人們不斷研制新型技術和設備，在食品行業中的作用將會越來越大。
微波殺菌機的適用范圍較廣，但是很多小型企業由于受成本控制而并沒有使用殺菌設備，出于為人們的健康考慮，經濟型的微波殺菌機還是有必要建立起來。
