微波干燥機廣泛的用于食品的加工，比如雞肉、鴨肉、牛肉干、豬肉脯等制品的干燥、殺菌和熱化都需要微波干燥工藝。假如牛肉干或者魚片等食品不使用微波干燥機進行殺菌和干燥的話，這些食品在三四天內就會腐敗，從而影響到它們的銷售，大大地損壞了企業的經濟效益。然而，經過微波干燥后的食品，仍保持其原有的風味，保質期也能延長到6個月左右。
雖然微波有極強的穿透力，但卻穿不透PET塑料、玻璃、紙張、陶瓷等材質的包裝，所以這就涉及到食品包裝的問題了，因為PET塑料或玻璃等不吸收微波，不會發熱，利用這些來包裝食品是好的選擇，既衛生又可以避免二次污染，何樂而不為呢！另外，需要注意的是：由于金屬、鋁箔可以反射微波而不被穿透，所以包裝材料不能采用金屬材料或者含有金屬成分。
后提醒大家，利用微波烘干機處理瓶裝食品時，包裝內的食品會發熱，從而造成氣壓升高，如果完全密封，則會造成氣壓過大而沖破包裝。那么，怎樣解決這一難題呢？方法一、微波殺菌，然后迅速密封。方法二、將密封后的食品放置壓力容器內再用微波殺菌。方法三、真空包裝后再用微波殺菌設備殺菌。
