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基本農田保護是耕地保護的重心。針對當前基本農田保護工作中存在的種種問題，目前我國的基本農田保護需要注意做好以下工作：
1.完善基礎數據，摸清底數，在全國范圍內開展耕地詳查。目前實施的規劃是以1996年土地詳查數為基數，而到2000年基本農田劃定時，耕地面積已經發生了變化。一是有些地方發生了水災，造成耕地及基本農田減少，減少部分沒有從耕地面積中扣除。二是1999年1月1日實施新《土地管理法》以前，即19996－19998年我國建設占用尚未實行“占一補一”。三是有些地方較早開始生態退耕，一些有坡度的基本農田退為林地。這三項客觀原因造成按土地利用總體規劃確定的基本農田保護數偏大。因此，應注意摸清1996年詳查結束后耕地的變化情況，尤其是基本農田的數量與分布，重點查清現在基本農田的數量與分布與劃定時相比發生了哪些變化，質量上有多少降低。建立全國耕地保護數據庫，進行全國范圍的動態監測，更好地實施宏觀調控。
2.確定合理的保護目標。摸清耕地基數后，實事求是地確定基本農田保護率，要給發展留下空間，增強規劃的嚴肅性，基本農田的位置、面積一經確定，就不允許減少和占用，加強用途管制，規劃的調整權適當上收，真正保護能夠保下來的面積。
3.基本農田保護率不能全國一刀切，要根據東中西部不同的發展狀況，因地制宜，下達可行的保護率。
4.在全國范圍內重新調整劃定基本農田，將基本農田保護的范圍縮小，質量提高。明確保護的概念。保真正該保的優質農田。對基本農田的內涵作出明確的界定，對基本農田作出明確定義，清楚地描述其性狀，對坡度、位置、產量、等，嚴格按此標準劃定。
5．把基本農田保護作為政府的責任，由政府一把手親自抓。基本農田管理不僅僅是國土資源管理部門的事，更是政府的責任，僅僅提出“基本農田保護是一條紅線”還不夠，要像計劃生育政策一樣，實行基本農田保護黨政領導一票否決制。對在任期內沒有做好基本農田保護工作，發生基本農田被非法占用、毀損等情況的，要嚴肅處理。
6.發動農民，建立自下而上的監督體系。目前的基本農田保護還處于政府保護階段，還不是農民自發的保護。今后應建立自下而上的監督體系，讓每個農民都成為監管員，并保證監管渠道暢通。同時讓農民真正能夠從土地中獲益，如果農民真正靠土地為生，土地是其全部生活依賴，那么任何人亂占亂用農民起來監督。建議部里設立舉報電話，設專人接聽，免費撥打，并做到對每一起舉報都有查處結果通報，對情況屬實的舉報要進行獎勵。
7．對承包地是基本農田的農戶給予補貼。承擔基本農田保護責任的農戶，其承包地沒有機會轉變為建設用地，也沒有進行農業結構調整改種其他高產值的經濟作物可能，本應由政府承擔的保護基本農田的職責，變為由農戶承擔，因此政府應給這部分農民以補貼，把農戶不能轉為其他用途土地和改種其他經濟作物的損失由政府承擔，這樣農民就會有保護基本農田的積極性。這其實是對發展權限制的補貼。
8.提高用地成本，挖潛土地潛力，促進土地集約利用。提高征用土地的成本，用經濟手段促進用地者集約用地。定期公布土地閑置率，對有閑置土地的地方，不再下達建設占用指標，引導土地集約利用。用經濟手段保護基本農田，提高用地成本。經濟手段要遠比行政手段簡單。
9．建立基本農田監控體系。一是部里建立全國的基本農田圖件系統，掌握每一宗基本農田的位置。二是建立基本農田保護監督員制度。聘請一些群眾監督員，發現問題隨時舉報。三是利用衛星航片進行監測。四是對違法案件查處結果要及時通報。
10．對基本農田進行分級分類保護。按照地塊的面積、土壤肥力、水利設施等條件，對基本農田進行分類，一級由國家直接管理，永久保護，永遠不能占用；二級地由省負責保護管理，只有國家能源、交通、水利等重點工程才能占用；三級地由地市負責管理，為滿足城鎮化與工業化需求，可以占用部分，但要嚴格把關，必須符合土地利用總體規劃，卻屬城市建設所必須；四級由縣市負責管理。目前，福建省已在試行這種辦法。
11.做好相關政策的梳理。國家關于基本農田保護，出臺統一的政策，不要幾個不同部門的政策相互矛盾，做好國土資源管理與林業、環保等部門的協調。
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